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近年来，我国科研经费投入每年以20%的速度增长。2013年，全国公共财政科技支出超过5000亿元，而1978年这一数据仅为52亿多元。不到40年，我国的财政科技投入增长了近100倍。然而，与持续高增长的经费投入和不断扩充的科研队伍相比，我国的科技创新产出和成效并不十分显著，科技创新力明显不足，尤其是基础研究中突破性、原创性成果少。而近来出现的一些科研腐败案例，更引发了公众对科研投入效率的担忧，科研经费管理问题再次成为社会热议的话题。
国家有关部门为了规范科研经费的管理和使用，近年陆续发布了一系列政策措施，如《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项科研经费管理办法若干规定的通知》（财教[2011]434号）、《教育部关于进一步贯彻执行国家科研经费管理政策加强高校科研经费管理的通知》（教财〔2011〕12号），最近又出台《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》。这些政策措施对于加强科研经费管理、严格财务制度和防止科技腐败起到了积极的作用。然而，科研经费管理的根本目的是为了更好地提高科研经费的使用效率，调动广大科技人员的积极性，促进我国科技自主创新的发展。因此，一方面要严格执行国家财务管理制度的有关规定，从制度上杜绝腐败和浪费；另一方面要按照科研工作的规律使用和管理科研经费，让广大科技人员更有效地使用科研经费，发挥科研经费的保障和激励作用，调动广大科技人员的积极性，促进科技自主创新的发展。从这个角度来衡量，目前我国科研经费管理制度的改革还存在不少问题，还没有完全解决好为科研工作服务和尊重科研工作规律的问题。这些存在问题束缚了我国科技自主创新的发展，需要进一步加以解决。
一、目前科研经费管理和使用方面存在的主要问题
（一）科研经费分配布局不合理。主要表现在两个方面：一方面国家各部委、省市各厅局都设有各类科技计划项目，名目繁多，而这些部门之间缺乏有效的联系和衔接，导致有些项目多头申报，科研经费投入交叉重复；另一方面各部门都抢着给知名单位和科研“大腕”科研项目，而绝大多数的一般科研人员拿到项目就像“中彩票”一样艰难，导致知名单位和知名人士到了年底头疼如何花钱，而一般科研人员连发给研究生的每月补助都难以维系，这样的科研经费分配布局极不合理。国家和各级政府都设有各种重大重点项目，这些大项目集中了大量的科研经费，但是它们的评审立项往往缺乏公开、公平、公正，成为科技腐败滋生之地；这些项目的完成情况也不尽理想，严重影响了科研经费的使用效率。在这方面，基于自由探索的国家自然科学基金委的运行机制得到学术界的普遍肯定，值得借鉴和推广。
（二）经费拨付方面，拨款严重滞后于科研进展，存在着较大的矛盾。一般说来，从项目申报到项目立项通常要6个月左右，有的甚至要等1年左右才能下达，项目经费更是要在立项后3个月左右才能拨付。如此一来，经费下达不及时与科研活动开展存在严重的不匹配现象。科研活动是有一定延续性的，一旦展开就不能停下来，所以科研人员没有办法，只有先从其他项目“借用”，或者从以前结余留用的经费解决（按照“零结余”的新规定，此办法已无可能）。
（三）经费使用方面，人力成本投入不足，管理过于刚性。
一是经费管理存在着“以物为本”的思想，“以人为本”体现不足。在过去多数的科研经费管理办法中，对人员费的开支限制得过于严格。科研经费使用中“见物不见人”，经费的80-90%左右是用来购买仪器设备、支付材料费、会议费和出差费等，只有10-20%左右用于研究生劳务费和专家咨询费，劳务成本太低。因此造成购买了大量使用效率低下的设备，而作为生产力最活跃要素的“人”却得不到相应的补偿和激励（用于激励的间接经费比例太少），使科研人员积极性受挫。若不是评职称、考核和人才培养的需要，多数教授不愿意拿纵向项目，而更愿意拿横向项目。二是经费规范管理与科研不确定性的矛盾。国家和各省市有关科技计划项目规定了经费支出的范围、标准等，要求项目严格按批复的预算开支。在计算材料费、分析测试费等时，要求列出详细的计算依据，如要进行多少次试验、需要多少原材料以及相应的金额预算等。搞科研不是搞生产，不确定因素很多，实际上不可能这样精确预算。而且，这样做出的预算，还一般不予调整；确需调整的，须履行复杂的相关程序。到项目结题验收时，每一项财务支出都必须与预算一致，否则财务专家可以对项目“一票否决”。虽说最近出台的经费管理办法在制度设计上简化了经费额度调整程序，但据了解，大多数科研单位尤其是高校，科研经费额度调整并不便捷、灵活，手续繁杂，过于僵化的约束有可能束缚了科研活动的有效开展。事实上，科学研究活动具有探索性和不确定性，科研过程中根据研究进展的具体情况和合理需要，对经费使用进行调整是不可避免的。
（四）经费管理方面，采用国库集中支付后存在着使用期限缩短、具体操作繁琐等诸多问题。国库集中支付资金在每年5-6月份拨款，12月中下旬停止使用，每年经费的使用时间就缩短了5-6个月，严重影响到科研活动的开展； “零结余”的管理方式造成年底突击花钱，造成不必要的浪费甚至被迫“弄虚作假”，或本需几年完成的项目必须1－2年就把钱花出去，不符合科研的基本规律；设备采购招标程序复杂，跟“零结余”的管理方式产生较大矛盾等。
（五）经费的绩效评价方面，评价方与被评价方在认识上存在较大的差异。财务管理部门和进行绩效评价的第三方机构对科研工作规律性认识不够，习惯用工程管理的思维去评价科研经费的绩效。然而，科研活动的探索性和不确定性，很多时候并没有统一的评价标准。现在的管理办法要求科研项目预算从申报时就做得非常细、预算刚性强，在课题验收审计时对照预算“按图索骥”，出现差异即被认定违规等，这些做法使得科研人员和依托单位管理左右为难。另外，不同类型的科研经费评价标准也有较大差别，如自然科学与人文科学、基础研究与应用研究的绩效评价的侧重点都不一样。
（六）经费报销方面，繁复的报销手续占用了科技人员大量的时间，打击了科技人员的积极性。许多科技人员不得不花费大量时间应对本该是财务人员工作范围的报销事务。他们绝大多数没有搞腐败，也很痛恨腐败，但是有的财务人员对他们的态度就像对待腐败分子一样。他们在科研经费使用时注意节约，以前还可以把适度结余的经费留下来作为探索新研究内容之用，现在的“零结余”规定逼得他们必须把经费全部用完——不管是不是浪费，否则全部要上交。
二、进一步改进科研经费管理和使用的建议
进一步改革和创新科研经费管理与监督，是提高财政科研经费效益、促进创新型国家建设的重要基础，因此，深化科研经费管理制度改革已成为当前科技体制改革的重点任务之一，也是落实科技创新驱动发展战略的客观要求。
（一）经费投入规划加强科学性，重点投入与面上投入适度协调
一是有必要在科技计划经费管理中，将经费评审、经费分配和经费管理过程向公众公开，充分发挥媒体与互联网的作用，构建打破部门疆界的信息共享平台，提高经费管理的公开性和透明度，避免或减少“分蛋糕”现象发生。二是应减少重大、重点项目，杜绝捆绑式、“拉郎配”的“伪大科学”，增加自由探索的面上项目，使国家科研经费的阳光能够普照顾及更多科研人员。三是针对重复立项、多头“交账”的现象，科技部、财政部、教育部、国家自然科学基金委等有关部门应加快建立覆盖中央部门、地方省级科研项目预算信息数据库的互通互联，构筑统一预算管理信息平台，加强项目经费使用监督与评价。
（二）科研经费管理要兼顾规范性与灵活性
鉴于科研工作特有的不确定性，赋予科研经费适当的弹性调整权十分必要，应进一步增加支出科目预算调整的权限和幅度，使之更加符合科研项目实际支出需要。一方面要增加支出科目预算调整的权限和幅度。考虑到科研活动的创新性和研究过程的不可预见性，应允许课题承担单位在预算执行过程中对预算进行灵活调整，达到一定金额和比例或者特殊科目经费的调整报财政和科技部门批准，有些要报项目组织部门批准，其他可由课题承担单位自行调整。强化项目承担单位对科研经费监管的主体地位，特别是赋予高校在科研经费预算调整过程中的自主权。另一方面，在课题经费预算总额控制内，对科研经费特别是直接经费的内部结构、比例关系不做硬性或“一刀切”的规定，如人员、设备费等比例不做硬性规定，以便符合不同类型、不同性质的课题和项目支出的实际需求。要鼓励科研人员厉行节约，杜绝浪费，克服年底突击花钱和大手大脚、花光用光的“零结余”现象。科研人员在保证完成课题目标的前提下节余的科研经费，在结余不超过一定比例（例如10~20%）的情况下，允许课题负责人留做进一步创新研究的经费。
（三）引入第三方科研评价机构
科研评价体系科学性和合理性直接影响着科技资源的分配结果，为避免行政主导以及人情、关系对科技资源分配的不公平性，建议引入第三方评价机构。比如说，德国在科研经费管理体制中，政府主要负责提出研究框架、组织专家委员会研究评审和组织项目单位进行申报，而项目申报方案的筹划、审查、评估等工作则交由中介咨询机构和专业评估机构（多为非营利性的公益机构）承担，充分发挥中介组织在科研经费管理中的作用。美国的一些联邦科研机构通过国有承包经营（GOCO）的方式委托市场化主体来运营和管理，也是在科研经费配置中发挥市场作用的重要尝试。在我国，通过社会组织承接政府职能转移和购买服务就是一个可以考虑的途径。
（四）经费下达与项目立项及时到位
首先，在国家和省市的科研项目管理部门层面，应该争取在申报书提交1-2个月内下达立项通知，按照科研活动规律，经费拨款应和项目立项同步进行；其次，在单位内部，科研部门和财务部门要加强协同服务，优化工作流程，减少内部流转时间；再次，要加强管理工作的信息化建设，建立国家统一的科研管理信息化系统，让信息化建设跟上科研管理的需求，服务于科技创新。
（五）经费管理要“以物为本”转为“以人为本”
充分尊重科技创新规律，坚持以人为本，充分体现科研创新中人的智力价值。把握科研活动规律，最重要一条就是要以人为本，为科研人员的工作创造宽松的环境，充分发挥科研人员的主观积极性和创新创造激情。科研投入从传统的“以物为本”转到“以人为本”，充分体现“以人为本”理念和精神，通过增加科研经费绩效支出增加人力资本补偿，建立健全绩效支出管理机制，提高相关单位和科研人员承担国家科研任务的积极性。在请款、报销等财务环节中，要尽量简化和节约科研人员的工作量。
（六）加强财政部门与科研部门的沟通
明确科研管理、财务等部门及项目负责人在科研经费使用与管理中的职责和权限，建立健全项目经费管理责任制。在项目申报时，建议由财务人员与科研人员一起共同研究讨论项目申报指南和经费使用管理办法，根据要求共同指导项目负责人编制经费预算，提高预算编报的质量。在经费使用时，财务部门和科研部门要互相协调，理清科研项目经费科目与财务会计科目的对应关系，指导项目负责人要严格按照项目立项书或合同约定合法、合理使用经费。财务人员还应熟知经费审计的规则和政策，制定出科学合理的绩效评价体系，引导项目负责人提高科研经费的使用效益，共同构建科研经费预算编制科学合理、预算执行规范高效、结题审计合法合规的管理体系，最终实现科研经费规范管理和高效服务的目标。
